ミッションとサブミッション
ミッションとは、Lotus（ロトゥス）から命令される使命のことで、各惑星のエリア上に表示されているミッションのこと。ミッション開始時に画面中央に出るサブミッション（チャレンジ）と区別される。
ミッションの報酬として、クレジットがもらえる。チャレンジも達成すれば、
装備に付与される経験値「アフィニティ」が得られる。
PS4版の場合、アップデート12までは、チャレンジの難易度に関係なく、
一律500アフィニティが装備（ウォーフレームと武器）に対して付与されたが、
アップデート13（2014年5月10日より）から、各チャレンジごとに獲得できる経験値が異なる。
（最後の表を参照）
また、緊急に発表されるアラートミッションは、高額クレジットやスキン、
設計図や貴重な素材ももらえるので、積極的に参加したい。
ミッション 種類
主なミッションは以下の通り。
| ミッション | 詳細 |
|---|---|
| Assassination 抹殺 | ボスを抹殺するミッション。ミッションの中で一番人気。レア素材や設計図をドロップ。アラートミッションになることも。ボスを倒した後、脱出口まで戻り任務完了。 |
| Capture 確保 | マークのあるターゲットを確保。いったん、ターゲットを瀕死にさせる必要がある。気づかれると、テンノから逃げようとするので、素早く捕まえる。確保したテンノには、ウォーフレームに対して２５０のアフィニティポイントが付く。ターゲットが倒れたら、○ボタンで蘇生とエスコートが同時に行われるので、ロトゥスの指示に従い、最後は脱出地へ向う。データマスをターミナルに差し込み、業務を妨害する。 |
| Deception 妨害 | データマスをターミナルに差し込み、業務を妨害するミッション。データマスを保有するとプライマリ武器が使用できなくなり、セカンダリのみとなる。 |
| Defense 防衛 | パワーコアなどを防衛するミッション。エンドレスとウェーブの２種類がある。 エンドレス防衛の場合、５ウェーブごとに防衛ミッションを終えるかどうかの選択が与えられる。１５ウェーブごとに、レアなMODやVOID Keyが報酬として保障される。 ウェーブ防衛は、エンドレスに似ていて、通常10ウェーブを耐えることで任務が完了する。アラートミッション防衛やオロキンヴォイド防衛、ナイトメアモード防衛などがある。 |
| Escape 逃亡 | 「逃亡」ミッションは、プレーヤーがHarvesterに倒され捕獲される時のみに起こる隠れソロイベント。Harvesterと交戦し負ければ、現セッションが終了し、逃亡ミッションへと自動的に移る。逃亡ミッションでは、プレーヤーは取り上げられた武器を回収し、木星のコーパスガス都市(Corpus Gas City)内にあるザヌカ計画施設から逃れる必要がある。 |
| Exterminate 掃滅 | エリアの敵を全て抹殺し、脱出するミッション。セキュリティカメラは、対象に含まない。敵の総数と残敵は画面左に表示される。抹殺が完了したら、脱出する。 |
| Interception 傍受 | 2014年(アップデート12)に新たに追加されたミッション。タワーから送信される暗号を、敵よりも早く解読するミッション。それぞれ4つのタワー(A,B,C, or D)付近に立つことで支配下に置き、スイッチを制御。この際、敵が侵入してきてコンソールを操作し警告音をならすが、倒せば制御下においたままにできる。また、レアMODの「Natural Talent」が報酬として出る。 |
| Invasion 侵略 | コーパスやグリニアとチームを組んで、侵略者と対峙するミッション。侵略者には感染体も含まれる。「抹殺」ミッションとほぼ同じで、侵略者がいなくなるまで戦う。アラートとしてもよく出現するミッションで、高額クレジットやレアな素材などが報酬としてもらえる。 |
| MobileDefense 機動防衛 | 「妨害」ミッションと類似しているが、実際は「防衛」に近いミッション。妨害のためにデータマスをターミナルに差し込みデータを操作。その間、ターミナルを敵の襲来から防ぐ。2つから7つのターミナルを妨害し、最終的に脱出場所へ向かう。防衛ミッションよりも、まとまった敵が襲来するので、難易度が高い。 |
| Rescue 救出 | 監禁された人質を救出し脱出地までエスコートするミッション。人質が攻撃されて死ぬとミッション失敗。2014年6月11日にアップデート13.3でResucue 2.0に実装。人質のいる牢獄付近には監視員（看守）がおり、救出前に見つかると、処刑の手続きに入ってしまう。1分という短い間に救出しなくてはならないため、できるだけ見つからないように敵を倒し、人質を救出する。 |
| Sabotage 妨害 | リアクターコアの存在する部屋を探し、それを破壊し、その後脱出口へ向かうミッション。 |
| Spy スパイ（潜入） | ターミナルを設置しハッキングするミッション。データマスが出てくるので、それを脱出口へ持っていく。通常２つ～４つあるターミナルをハッキングする必要がある。→アプデ15.13よりSpy 2.0システムへ変更 |
| Survival 耐久(U10) | 絶えず出現する敵を倒しながら、投下されるライフサポート（生命維持装置）を起動して5分間ヘルス維持すると脱出口がマップに表示され、脱出できるようになる。 |
| ハイジャック (U13) | アップデート12.4 で追加された新たなミッションで、13で通常ミッションとなる。Fomorianのパワーコアを安全に脱出させる、 ケレスにのみに存在するミッション。 |
-発掘ミッション-
アップデート14.5より、新しいミッション「発掘ミッション」が実装される。このミッションは、耐久ミッションと防衛ミッションが合わさった難易度の高いミッションで、「地球などの陸上で行われる耐久ミッション」に取って代わる。
スキャン装置発掘器をまずは防衛し、スキャンによって古代アーティファクトのある位置を確認できたら、発掘場所まで行くと発掘器が投入される。その発掘器を防衛するとクライオティックを入手できる。しかし、スキャン装置と発掘器のパワーは、敵がドロップするパワーセルに依存している。そのため、周囲の敵を倒しながらパワーセルを拾い集めて、これらの装置を動かし続けなければらない。発掘途中で発掘器が壊されても、幾分クライオティックをゲットできる。
アップデート16からは発掘器が3つ同時に出現するように変更される。
-潜入2.0ミッション（Spy 2.0）-
アプデ15.13より、SpyミッションはSpy 2.0システムへ変更される。厳重に管理されたデータルームへ侵入しデータをハックする必要がある（1ミッションで3か所）。データ取得につまづいたり敵がアラームをならした時点でカウントダウンが始まる。タイム経過で全ての情報が抜き取られてしまう。時間内にデータを取得できれば、
ミッションを成功させると、MODやボイドキー（sabotageを含む）がもらえる。T4キーはsabotageキーのみ含まれる。
PS4は2015年3月18日に潜入2.0が実装された。潜入2.0は導入段階でフィードバックを受け付けているため、今後もいくつか変更があり得るので注意が必要。アップデートの段階では、主だった更新部分は以下のとおりとなる。
(アップデート15.16時点)
・潜入ミッションのみステルスキルストリークを成功させると得られる経験値が倍加し、ステルスで最初の敵を倒してから30秒間のうちに近接攻撃では最大5倍、通常の範囲武器による攻撃は2倍経験値がアップする。
・フィニッシャーで与えるダメージは、武器のランクと敵のレベルに依存するように変更。武器のランクが最大であれば、ステルスでのフィニッシャーが最大8倍まで倍加する。
・ステルスストリークは画面上に表示される。
ソーティー(出撃)ミッション
U18リリースのミッション。3つのミッションを達成することで特別な報酬がもらえる。
ただし、各ミッションを遂行するうえで様々な条件が課される。たとえば、アサルトライフルのみ所持可能・ボウ(弓矢)のみ持ち込み可能・近接武器持ち込み可能・ピストルのみ持ち込み可能などプレーヤーの所持できる武器に制限を課したり、敵の攻撃に属性(放射線など)が付与されるなどかなり難易度の高いミッションになっている。そのかわり、３つのミッション達成で高額なクレジットやかなり良い報酬が受け取れる。
U19.1より、クエスト「内なる紛争」を完了していないとソーティーをプレイできないようになった。
サブミッション「チャレンジ」
以下は、各チャレンジとその達成によって得られるアフィニティ（経験値）を掲載。PS4版はアップデート13よりPC版と同様、チャレンジごとに異なる経験値が得られる。難易度によって、獲得できるアフィニティが異なる。
未確認ではあるが、この更新によってPS4版とPC版は同様になった模様。
以下はチャレンジリスト
| チャレンジ | 内容 | 獲得アフィニティ |
|---|---|---|
| ハッカー | データターミナルのハッキングは含まない。 キー解除のターミナルのみがカウントされる。 | 1000 |
| ヘッドハンター | 10体の敵をヘッドハントすれば受け取れる | 5000 |
| キラー | 30体以上キル | 5000 |
| ルーター | 4つのエネルギーオーブを回収 | 1000 |
| ピストルマスター | セカンダリ武器で20体以上を倒す | 5000 |
| アビリティ使用 | 最初のアビリティを5回使用する | 1000 |
| ライフル銃士 | 20体以上をプライマリ武器で倒す。 どのタイプのプライマリ武器でもよい。 | 5000 |
| スピードキル | 10秒以内に3体の敵を倒す。 | 5000 |
| ステルス | 敵に気づかれずに10体を倒す。（含カメラ） | 5000 |
| スタイルキル | スライディングで5体を倒す | 1000 |
| ソードマン | 近接で10体倒す | 1000 |
| トレジャーハンター | MOD(アーティファクト)を１つ探す | 1000 |
| フロムウィズイン | 4番目のアビリティを1度使用する | 1000 |
マーケットで販売されているアフィニティブブースターというものがある。アップデート14.5より、アフィニティブ―スターは3日間と7日間のオプションが用意されている。7日間のほうがお買得になっている。
これを購入すると一定期間、獲得できるアフィニティが2倍となる。そのため、上記のチャレンジも2倍の経験値を獲得できる。たとえば、5000獲得できるチャレンジで10000アフィニティ獲得できる。
また、冥王星などのダークセクターでは、通常よりも多く経験値を獲得できる。そのため、その場所でチャレンジを達成すると、5000アフィニティが12600になるなど、通常ミッションによる経験値も含めて、かなり簡単に経験値を稼ぐことができるようになる。
アフィニティブ―スターはプラチナで購入できる。